Título:
Un acercamiento a la Ontología de Genes y sus aplicaciones.


Title: An approach to Gene Ontology and its uses.

 



Autores:

Lic. Ivette Camayd Viera1, MSc. Miguel Sautié Castellanos2, MSc. María A. Zardón Navarro 1, MSc. Carlos Martínez Ortiz 2, DrC. José Luis Hernández Cáceres 2

1Centro Nacional de Genética Médica, Universidad de Ciencias Médicas, MINSAP.

2 Centro de Cibernética Aplicada a la Medicina, Universidad de Ciencias Médicas, MINSAP.

Email de contacto: msc@infomed.sld.cu



Resumen

Las ontologías desempeñan un papel importante en las investigaciones biomédicas. La Ontología de Genes (GO) es la ontología más aceptada y utilizada. Tal ontología es el fruto de una colaboración entre las bases de datos de organismos modelos para generar vocabularios estructurados con fines de anotación. Si bien la GO se diseñó como una ontología dirigida a la estandarización de la anotación de productos génicos, muchas aplicaciones la utilizan como herramienta para el cálculo semántico. Este artículo se centra en la descripción general de los componentes de la Ontología de Genes y en su relación con otras tecnologías avanzadas como las relacionadas con la Web semántica; asimismo, ilustramos su utilidad a través de algunas de sus aplicaciones más comunes en genómica funcional, minería de textos biomédicos y predicción de funciones de proteínas. Finalmente, consideramos algunas de las tendencias actuales en el desarrollo de la GO.

Palabras clave: Ontología, Ontología de genes, anotación funcional, genómica funcional, Web semántica, minería de textos biomédicos.


Abstract

The ontologies play an important role in biomedical research. The Gene Ontology (GO) is the most widely accepted and used ontology. This ontology is the result of a collaboration among model organisms databases to generate structured vocabularies with annotation purposes. While GO was designed as a vocabulary for standardization of gene products annotations, many others applications also use it as a tool for semantic computation. This paper is focused on a general description of the constituent parts of GO and on its relationship with other cutting-edge technologies such as the ones known jointly as semantic Web technologies. Furthermore, we show the usefulness of GO by providing some examples of its applications in functional genomics, biomedical text mining and protein function prediction.Finally, we consider some current trends in GO development.

Key words: Ontology, Gene Ontology, functional annotation, Functional genomics, Semantic Web, biomedical text mining.

 


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