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Título: Herramienta web para la clasificación
de microsatélites polimórficos en genomas bacterianos
Title: Web tool for classification of polymorphic
microsatellites in bacteria genomes
Autores:
MsC. Carlos M. Martínez Ortiz1, MsC. Miguel
Sautié Castellanos2, Dra. Yordanka Cuza Ferrer3,
Ing. Yinette Wisdom Viña4
1Profesor Auxiliar. Lic. Microbiología y Máster
en ciencias en Bioquímica de las proteínas. Centro
de Cibernética Aplicada a la Medicina (CECAM), La Habana,
Cuba.
Email: cmmo@infomed.sld.cu
2Profesor Auxiliar. Lic. Bioquímica. Máster
en ciencias en Informática Médica. Centro de Cibernética
Aplicada a la Medicina (CECAM), La Habana, Cuba.
Email: msc@infomed.sld.cu
3Profesora Asistente. Dra. en Medicina. Especialista
en Fisiología Normal y Patológica. ICBP “Victoria
de Girón”, La Habana, Cuba.
Email: yordankacuza@infomed.sld.cu
4Profesora Instructor. Ingeniera en Informática.
Producciones Trimagen. S.A. La Habana, Cuba.
Email: yinette@trimagen.co.cu
Resumen
Las secuencias repetidas en tándem, específicamente
los mini y micro satélites, han demostrado ser muy eficaces
en la clasificación de bacterias patogénicas como
B. anthracis, M. tuberculosis y P. aeruginosa, entre otras. En humanos
es manifiesta su participación estando relacionados con más
de ochenta enfermedades, gran parte de ellas de tipo neurodegenerativas,
musculares y algunos tipos de cáncer. La herramienta web
que presentamos es el resultado de la detección computacional
de estas secuencias en genomas bacterianos completos y su correspondiente
anotación en la estructura genómica de acuerdo a las
diferentes regiones donde estos se localizan. La herramienta tiene
como fin primario brindar un sistema relacional que permita al investigador
ubicar los microsatélites de diferentes especies bacterianas,
con más de un genoma secuenciado para inferir su posible
carácter polimórfico, dentro del contexto de la estructura
genómica y así proveer un primer acercamiento al rol
putativo que los microsatélites desempeñan desde el
punto de vista funcional. La herramienta se puede aplicar no solo
en estudios taxonómicos y epidemiológicos sino en
la detección de posibles relaciones de estas secuencias con
las funciones moleculares, procesos biológicos y, en última
instancia, las diversas formas de evolución de estas especies.
El sitio web brinda el servicio de consultas a la base de datos
de microsatélites bacterianos de acuerdo al sistema de tablas
relacionales y atributos propios de las mismas. Cuenta además
con los servicios típicos de un sitio con estas características
como: sistema de autenticación, foro, encuestas, enlaces
y documentación sobre la metodología empleada y del
tema en cuestión.
Palabras clave: Microsatélites,
Repetidos en Tándem, Bacterias, Sistema de Base de Datos.
Abstract
The tandem repeat sequences, especially mini- and micro-satellites,
have proven to be very effective in classification of pathogenic
bacteria such as B. anthracis, M. tuberculosis and P. aeruginosa,
among others. In human beings it is manifest its participation,
being related with over eighty diseases, nearly all neurodegenerative
and muscular, and some kinds of cancer. The web tool we are offering
here is the result of computational detection of these sequences
in whole bacteria genomes, and its respective annotation in the
genomic structure according to the different regions where they
are localized. The primary goal of this tool is to offer a relational
system that al-lows mapping the microsatellites of bacterial species,
all of them with more than one genome sequenced to infer their possible
polymorphic character, in the context of genomic structure and thus
providing a first approach to the putative role they perform from
the functional point of view. The tool can be applied not only in
taxonomical and epidemiological studies but in the detection of
possible relationships of these sequences with the molecular functions,
the biological processes and, as a last resort, the different forms
of these species evolution. The web site offers the service of queries
to the bacterial micro-satellites database according to the related
tables and its inherent attributes. It also has the typical services
of this kind of site like: logging system, forum, polls, links and
documentation about the employed methodology and the topic.
Key words: Microsatellites, Tandem
Repeat, Bacteria, Data Base System.
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