Algoritmo de Segmentación Topológico para Imágenes Adquiridas de la Tomografía Computada y la Resonancia Magnética.

<Resumen><Abstract ><Introducción><Desarrollo><Resultados><><Conclusiones>
<Referencias Bibliográficas>

Autor:

Héctor Simón Vargas Martínez
Ingeniero en Computación. Universidad Popular Autónoma del estado de Puebla, Méjico.
E-mail: hvargas@divtec.pue.upaep.mx


RESUMEN

Basándose en los trabajos de Khalimsky y Kovalevsky, los cuales propusieron que una imagen digital está asociada a un espacio topológico, se propone en el presente artículo un nuevo algoritmo basado en estos conceptos de topología general y enmarcado en el modelo difuso. Se hace un análisis de los resultados que arroja el algoritmo sobre las imágenes, como el grado de compactificación de los objetos en cada clase, así como la separabilidad de las clases; también se analiza la complejidad en tiempo y espacio del algoritmo. Se presenta como parte de las conclusiones la opinión de un experto para evaluar los resultados de la segmentación y se explica en las perspectivas la importancia del concepto de segmentación en el proceso de diagnóstico.

 


ABSTRACT

Based on Khalimsky and Kovalevsky works, which proposed that a digital image is associated to a topological space, it is proposed in this work a new algorithm based on the general topology concepts and within the diffused model . An analysis is made about the results of the algorithm about the images such as the compactification degree of the objects in each class and the separability of the classes; it is also analyzed the time- and space complexity of the algorithm. We present as part of the conclusions the opinion of an expertise to evaluate the results of the segmentation. It is also explained the importance of the segmentation concept in the diagnosis process.


INTRODUCCIÓN

La clasificación de tejidos de imágenes de resonancia magnética (RM) (2) y tomografía computarizada (TC) (1) es un proceso en el cual los elementos de imagen que representan el mismo tipo de tejido son agrupados en un solo conjunto y son referenciados en una misma clase (los elementos de imagen son: de dos dimensiones, llamados píxeles, o de tres dimensiones, llamados voxels). Los diferentes grupos de voxels clasificados son etiquetados por números enteros diferentes para desplegarlos en la computadora. El proceso de asignar de forma apropiada etiquetas de clases a todos los voxels en el arreglo de voxels es llamado segmentación (3). La segmentación identifica, por las etiquetas, regiones de diferentes tipos de tejidos, o separa regiones de un mismo tipo de tejido en el arreglo de voxels que aparecen uniforme al observador.

Existe una diversidad de equipos, desde los austeros hasta los más sofisticados, que integran en su sistema varias etapas significativas, las cuales tienen la finalidad de ser una herramienta más para el especialista en la obtención del diagnóstico. Sin embargo, una de las etapas de cualquier sistema requiere especial atención, la segmentación de imagen. Aunque esta ya ha sido analizada y resuelta en diferentes modelos (4) se siguen haciendo nuevas propuestas o haciendo mejoras de los algoritmos existentes. Así, el presente artículo propone un nuevo algoritmo basado en conceptos de topología general en el modelo difuso.

La sección 2 presenta la formalización matemática de la segmentación de imagen, para después continuar con el algoritmo topológico, en la sección 3. En la sección 4 se dan las conclusiones y perspectivas.


DESARROLLO:

Segmentación de la Imagen

Una de las principales etapas del análisis de imagen y del reconocimiento es la segmentación de la imagen en regiones y el cómputo de varias propiedades de las relaciones entre estas regiones. Sin embargo, las regiones no siempre son duramente definidas; a veces es más apropiado mirarlas como subconjuntos difusos de la imagen (5).

En esencia, la segmentación consiste en hallar la estructura interna del conjunto de descripciones de los objetos (píxeles) en el espacio de representación (imagen). Esta estructura interna evidentemente depende, en una primera instancia, de la selección de los píxeles y de la forma en que éstos se comparan, es decir, del concepto de similaridad que se utilice y de la forma en que este se emplee (6).

Existen cuatro modelos para etiquetar clases o segmentarlas: duro, difuso, probabilístico y posibilístico. A continuación se dan algunas definiciones sobre estos modelos.

Definición 1. Sea c un entero el cual denota el número de clases, 1 £ c £ n, y definimos tres conjuntos de vectores-etiquetas en Rc como sigue:



Nhc es la base canónica de Rc; Nfc representa una pieza de un hiperplano, es su envolvente convexa; y Npc es un hipercubo en Rc, excluyendo el origen. El i-ésimo vértice de Nhc es

ei = (0, 0, . . . , 1, . . . , 0)T

es la etiqueta dura para la clase i, 1£ i £ c. El vector y = (0.1, 0.6, 0.3) T es un vector-etiqueta forzado; sus entradas están entre 0 y 1, y su suma es 1. Si y es una etiqueta para algún xÎRp generado por el modelo fuzzy-c-means [7], llamamos a y una etiqueta difusa para x. Si y viene de un método tal como la estimación de probabilidad máxima, y será una etiqueta probabilística. Los vectores tal como z = (0.7, 0.2, 0.7) en Npc = [0, 1]-{0}son llamados vectores-etiquetas posibilísticos.

Cuando X no está etiquetado, la asignación de vectores-etiquetas a sus elementos es precisamente el proceso de agrupamiento o segmentación (o aprendizaje no supervisado). Si las etiquetas son duras, esperamos que ellos identifiquen a los c subgrupos naturales (clases de tejidos) de X.

Definición 2. La c-partición de X son conjuntos de (c´n) valores {uik} que son arreglados en una matriz de (c´n), U = [U1, . . . , Uk, . . . , Un] = [ uik ], donde Uk denota la k-ésima columna de U:

las ecuaciones definen, respectivamente, los conjuntos de las c-particiones de X como posibilístico, difuso (o probabilístico) y duro. Cada columna de U en Mpcn (Mfcn, Mhcn) es un vector-etiqueta de Npc (Nfc, Nhc). Note que Mhcn Ì Mfcn Ì Mpcn. Si U es difuso, uik es la pertenencia de xk en el i-ésimo grupo difuso de X.

El agrupamiento difuso, incluyendo trabajos en procesamiento de imágenes difusas y segmentación, es discutido en Bezdek y Pal [20].

Definición 3. Los algoritmos de agrupamiento son funciones Rc,

donde Rc es el rango de C. Cuando la salida de C es justamente una partición, entonces Rc = Mpcn.

Recuerde que algunos algoritmos de agrupamiento producen particiones buenas en el modelo difuso. La asignación a clases para cada píxel es el objetivo usual en la segmentación de imagen, sin embargo, para el modelo difuso las etiquetas en Npc son a menudo transformados en etiquetas duras.

Definición 4. Las etiquetas no duras y son usualmente convertidas a etiquetas duras usando la función de conversión:

donde es la norma Euclidiana, en Rc. H encuentra la etiqueta dura para el vector ei en el conjunto cerrado Nhc para y. Alternativamente, H encuentra la coordenada máxima de y, y lo asigna a la correspondiente etiqueta dura del objeto z que etiqueta y. Note que, la razón para usar H depende en gran medida del algoritmo que produce y.

Resumiendo pudiéramos decir que en un problema de segmentación (o clasificación sin aprendizaje) los tres elementos esenciales son: el espacio de representación de los objetos, la medida de similaridad (función de semejanza, no necesariamente una distancia) y el criterio de agrupamiento, es decir, la manera en que será utilizada la similaridad para la solución del problema planteado.

Los algoritmos de agrupamiento pueden ser categorizados, tanto por una base axiomática: determinístico, estadístico, difuso y posibilístico (7), como por el criterio agrupacional; existen tres tipos de criterios para cada clase axiomática: función objetivo, teoría de grafos, jerárquicos.

3. ALGORITMO TOPOLÓGICO

Khalimsky, (1977,1986), y más recientemente Kovalevsky, (1988), propusieron que una imagen digital está asociada a un espacio topológico (8). Entonces, en lugar de tener que definir nociones de topología para el concepto de grafos (tales como conectividad) para imágenes digitales, las nociones de topología general pueden ser usadas más directamente. En el procesamiento de imágenes el estudio de las propiedades topológicas de una imagen se ha desarrollado a través de la teoría de grafos (más comúnmente conocidos como relaciones 4-,8-, .. relaciones de adyacencia) (5), sin embargo, la topología general brinda importantes conceptos que se pueden utilizar en el análisis de imágenes, como es el objetivo de este artículo, proponer un nuevo criterio agrupacional para la segmentación de imágenes. Por lo tanto, el artículo presenta una nueva propuesta que consiste en un algoritmo de clasificación sin aprendizaje, el cual está dado a partir de la definición de un criterio agrupacional, que a la vez está definido sobre conceptos topológicos. (10,11)

Sobre la idea de estos conceptos y los que de alguna manera están implicados, se presenta el siguiente criterio agrupacional, el cual nos dice cuándo un elemento pertenecerá a un subconjunto de la imagen o cuándo este elemento generará un nuevo grupo. La siguiente definición nos permite construir un cubrimiento de X a partir de X.

Definición 6. Sea X el conjunto imagen y sea S Í P(X) se define j: S´X ® [0, 1], tal que

j( A, x) = d(d(A), x)

con d(A) = supy,z ÎA{d(y,z)}

Decimos entonces que j es una función que nos da la relación de semejanza del conjunto A Î S con x Î X, a partir precisamente de considerar el diámetro del conjunto A y la relación de su diámetro con todos sus elementos. Esta función depende de la aplicación que se esté considerando.

Definición 7. Dados e , d Î [0, 1] fijos y S Í P(X). Sea X un conjunto imagen y sea A Î S , se dice que un elemento x Î X pertenece a A si se cumple que

Be(x) Ç A\{x} ¹ Æ Ù j( A\{x}, x) < d

en otras palabras, S es un cubrimiento de X.

La definición nos plantea cuándo un elemento pertenece a un subgrupo del potencial de X, el cual constituye precisamente una segmentación de la imagen. La construcción de este cubrimiento S (como sucesión) está determinada por las propiedades que la definen, esto es, un elemento de la imagen pertenecerá a un elemento de S si existe una bola con centro en el punto y un radio dado tal que intercepte al subconjunto y además que dicho elemento esté relacionado con el subconjunto que es elemento de S.

No estamos pidiendo que los grupos sean disjuntos dos a dos, sino que se permita también el solapamiento, además podemos pensar en el concepto difuso para conocer cómo se comportan las pertenencias de los elementos en los grupos con relación a su vecindad local y a sus representantes.

El algoritmo usa el criterio agrupacional definido anteriormente para generar la segmentación de la imagen. El mismo inicia su búsqueda etiquetando el primer píxel que encuentra en el principio de la imagen (suponiendo un orden o una dirección), de ahí parte para aglomerar a sus vecinos más semejantes y computar j(A, y) simultáneamente en la formación del grupo, o ir formando los demás grupos con la misma idea.

Dados e y d fijos. Se crea el primer conjunto A1 = {x} tal que x Î X, con n = 1.

PASO 1: Mientras $ y Î X tal que y Ï Ai " hacer paso 2 y 3.

si no existe y Î X ir al paso 4.

PASO 2: Para hacer

Si N(y; e)Ç Ai ¹ Æ Ù j( Ai, y) < d

entonces I = I È {i}

PASO 3: Si I ¹ Æ entonces Ai = Ai È {y} " i Î I.

de lo contrario

n = n+1

An = An È {y}

PASO 4: Formados los grupos, se procede con el análisis de la dirección que se presentó en la búsqueda de la formación de la estructura de los mismos. Esto es, hace una reubicación de los píxeles porque éstostienen un cierto comportamiento por la dirección, (con la misma idea del criterio agrupacional topológico).

En la búsqueda de las estructuras vamos recordando los grupos formados y la información que ellos proporcionan por el valor de j(A, y) y sus elementos, además, como se va caminando en una dirección, el resultado dependerá en alguna medida de la dirección elegida, por tal razón, una vez terminada la búsqueda de las estructuras de los grupos, antes de entrar al paso 4, como todos los píxeles están etiquetados, entonces se puede despreciar la dirección y concentrarse más en la relación que guardan los vecinos con su vecindad local y global.



RESULTADOS

Los datos de entrada del algoritmo topológico fueron las imágenes presentadas en la figura 1, la primera de ellas fue adquirida de la tomografía computarizada y la otra de la resonancia magnética. Estas imágenes tienen dimensiones de 256´256 píxeles, donde cada píxel tiene un valor entre 0 y 5000. Cada objeto o elemento de la imagen está representado por un píxel, el cual a su vez está formado por cinco rasgos que fueron calculados dentro del dominio espacial. Estos conjuntos de imágenes fueron difusificados y por esto caen dentro de la definición 1, así como también el algoritmo topológico genera un cubrimiento de la imagen que a su vez cuadra con la definición 2, esto es, constituye una c-partición. El resultado son nuevas imágenes (figura 2), las cuales están coloreadas con relación al agrupamiento creado por dicho algoritmo, esto es, cada subgrupo está etiquetado con un color; el orden de los intervalos presentados en cada imagen está en relación con la paleta de colores que maneja la computadora.

Figura 1: Imágenes adquiridas de la TC y RM respectivamente, representan los datos de entrada para el algoritmo de segmentación previa fuzificación.

En la figura 2, en la primera imagen izquierda, se crearon 9 grupos, los cuales se dan en los siguientes intervalos: (2, 44), (42, 120), (105, 191), (156, 258), (222, 317), (281, 361), (325, 381), (403, 446) y (513, 513). Mientras en la siguiente imagen (derecha), se crearon 10 grupos, los cuales se dan en los siguientes intervalos: (2, 284), (238, 642), (572, 1272), (970, 1654), (1234, 1910), (1650, 2206), (2092, 2474), (1692, 1708), (544, 870) y (1324, 1324).

Figura 2. Resultado del algoritmo de segmentación topológico.

Para obtener la complejidad del algoritmo propuesto, se analizó el algoritmo considerando que en un recorrido encuentra todos los subgrupos de la imagen sin tomar en consideración si no son disjuntos, después continúa con otro recorrido para corregir la dirección en la creación de los grupos, por tanto, la complejidad computacional en tiempo es lineal por un factor de 7, esto es 7n. La complejidad en espacio depende del número de grupos creados, pero como se presentó en todos los resultados, como promedio tenemos 9 grupos por imagen, esto es, el tamaño en memoria para mantener el resultado es 2´256´256´9 bytes. Se probó el algoritmo en una PC a 100 Mhz con 16 Mb de RAM, el algoritmo consumió, para una imagen, aproximadamente 5 segundos.

Ahora, para obtener la separabilidad, primero se define la separación de un agrupamiento difuso como la suma de las distancias de sus centros de agrupamiento a los centros de los otros agrupamientos, se trabajó con los índices de validación propuestos en (15), los cuales encuentran la mínima distancia entre los centros de los agrupamiento, por lo cual, cuanto menor valor obtenga la función de validación, indica una mejor partición de la imagen; en nuestro experimento el valor obtenido es de 0.212. Mientras que la compactificación es la suma de las desviaciones difusas de los objetos en el subgrupo entre la suma de las cardinalidades difusas de los agrupamientos, la cual para nuestro experimento también resultó muy aceptable.


CONCLUSIONES

El propósito de la clasificación y segmentación de tejidos en imágenes médicas es cuantificar el tamaño de diferentes tipos de tejidos, y poder desplegar, en la pantalla, las estructuras de los mismos para, por ejemplo, facilitar la cirugía y la terapia. Por esta razón, es muy importante proponer nuevos algoritmos, como lo es el presente, para tratar de encontrar estas estructuras de grupo.
En nuestro experimento se usaron tres conjuntos de datos de dominios diferentes, los cuales revelaron la adopción de la mínima distancia de separación para la validación de partición, pudiendo ser útil cuando se busque un número óptimo de agrupamientos, pero no cuando se comparan diferentes particiones teniendo un número igual de agrupamientos.

Los algoritmos de segmentación no requieren de entrenamiento de datos, sin embargo, para un conjunto de datos, se proporcionan diferentes algoritmos de segmentación para producir diferentes agrupamientos de los objetos; en resumen, una partición generada por un algoritmo de agrupamiento no siempre corresponde a la clase fundamental.

El algoritmo topológico genera un cubrimiento del conjunto, permitiendo con esto el solapamiento de los subgrupos creados y obteniendo de una manera natural la estructura difusa de los subgrupos creados. También cabe mencionar que el algoritmo trabaja sin ningún problema en la tercera dimensión, esto es, considerando en su conjunto el arreglo de datos volumétricos, de esta manera se obtienen mejores resultados.

 


REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS

1. Henry J. Scuddder. “Introduction to Computer Aided Tomography”. Proc. IEEE, vol. 66, pp. 628-637, June 1978.
2. Waldo S. Hinshaw and Arnold H. Lent. “An Introduction to NMR Imaging: From the Bloch Equation to the Imaging Equation”, Proc. IEEE, vol. 71, pp. 338-350, March 1983.
3. Zhengrong Liang. “Tissue Classification and Segmentation of MR Images”, IEEE Engineering in Medicine and Biology, March 1993.
4. J. C. Bezdek and L.O. Hall, Matt Clark, Dmitri Goldgof and L.P. Clarke, “Segmenting Medical Images with Fuzzy Models An Update”, Fuzzy Information Engineering 1997.
5. J. C. Bezdek, “Fuzzy Sets for Pattern Recognition”, 1986.
6. J. R. Shulcloper, “Reconocimiento de Patrones”, notas del autor.
7. J. C. Bezdek and S. K. Pal, “Fuzzy Models for Pattern Recognition”, Piscataway: IEEE Press, 1992.
8. de Olivera, R.I. Kitney, “Texture Analysis for Discrimination of Tissues in MRI Data”, Proceedings, Computers in Cardiology. pp. 481-484. Piscataway:IEEE Press. 1992.
9. Pattern Recognition and Analysis of the image.
10. Robert L. Cannon, Jitendra V. Dave and James C. Bezdek, “Efficient Implementation of the Fuzzy c-Means Clustering Algorithms”, IEEE Trans. Pattern Analysis and Machine Intelligence, vol. PAMI-8, no. 2, March 1986.
11. Reed, Roscoe, Wachter, “Topology and Category Theory in Computer Science”, Oxford Science Publications, 1991.
12. Iribarren, “Topología de Espacios Métricos”, Limusa 1987.
13. A. R. Páramo, “Tópicos en Topología”, Edición del Autor, 1995.
14. Aho, Hopcroft, Ullman, “Data Structures and Algorithms”, Addinson- Wesley Publishing Company, Reading Massachusetts, E.U.A. 1983.
15. L. X. Xie and G. Beni, “A validity measure for fuzzy clustering”, IEEE Trans. Pattern Analysis and Machine Intelligence, vol. 13, pp. 841-847, Aug. 1991.


 

WWW:CECAM.SLD.CU